בית המקדש השני נבנה על-ידי עזרא הסופר ונחמיה בעידוד הנביאים שהיו בדורם חגי, מלאכי, לאחר שיבת ציון. הוא הושלם בשנת ג' ת"ח. המקדש עמד על תילו ארבע מאות ועשרים שנה ונחרב בשנת ג' תתכ"ט.
בבית המקדש השני היו חסרים חמישה דברים שהיו בבית המקדש הראשון: ארון הברית, כפורת וכרובים, אש מן השמים, השכינה, רוח הקודש ואורים ותומים.